当今有众多出版商使用电子手稿提交系统和在线同行评审系统来管理期刊的出版物。在线提交系统的好处就在于效率高，可以进行更快更集中的手稿处理；并且由于作者、编辑以及评审们可能来自于全球各地，在线系统也能够提供更广泛的资源及其高效的利用率。因此对于作者们来说，尽快熟悉这些系统可以节省宝贵的时间，也有助于更好地与期刊编辑们沟通交流。
电子手稿提交系统的另一大优点就是作者可以利用期刊追踪系统随时随地查看自己的手稿动态，只需要登陆自己的账户就可以查看电子手稿追踪的记录。最常用的提交系统有ScholarOne，主要供自然出版集团(Nature Publishing Group)旗下期刊以及SAGE使用；还有Editorial Manager， 是Springer、 Wiley和 PLOS所使用的提交系统。另外，EVISE®则是Elsevier旗下开发的电子手稿提交平台。
在EES(EVISE®)的期刊提交系统中，’Author Main Menu’目录下可以查询到手稿提交状态，主要有以下几个阶段：
- Submitted to Journal：手稿已被提交给期刊；
- With Editor:：手稿被分配给了期刊编辑后会有一个专属的EES手稿编号，这个状态表示至少有一个评审员已经接受了评审该手稿的邀请；
- Under Review：同行审阅正在进行过程中；
- Required Reviews Completed：处理该手稿的编辑已经获取了所需的完整审阅报告，编辑会准备他们的编辑报告；
- Decision in Process： 期刊编辑已经在系统中输入是否接受该手稿的决定，并会通过Email联系作者告知最终决定、评审们审稿意见以及下一步指示；
- Revise：编辑通知作者可以修改提交手稿；
- Completed-Accept/Reject：提交过程以最终接受或者拒绝的决定结束。
在Editorial Manager中，一旦作者提交了电子手稿，处理该手稿的编辑就需要依次根据以下三步进行处理：
- Assign Editor：给提交的手稿分配另一个处理编辑；
- Invite Reviewers：选择并邀请评审来评估手稿；
- Submit Decision and Comments：作出最终决定，即或拒绝、或修正后接受、或直接接受手稿(详细的流程可见以下链接：Editorial Manager)。
开放获取出版(OA submission model)的电子手稿提交，也是学者们愿意尝试的一种平台。BioMed Central、 Public Library of Science （PLoS）以及 Hindawi都是在OA出版市场里试水的出版商。对于Hindawi来说，他们对在其期刊上出版文章的作者们只收取文章处理费用(APC)，在Hindawi旗下的新期刊上发表文章可能不收取APC，但在其旗下最受欢迎的期刊上发表文章的费用可高达1500美元。Hindawi也意识到了为高质量的OA模式的同行评审建立行业标准的重要性，所以它成立了开放获取学术出版者协会(OASPA;：www.oaspa.org)，以便更好地服务作者以及读者。
