Seek & Blastn——检测癌症研究错误的新工具

论文撤稿事件最近很频繁,并且很大比例的撤稿都来自中国的研究者。这对于作者本人、其单位、其合作机构甚至整个国家都是很大的负面影响。国内外研究基金、知名期刊以及潜在合作单位可能都会对中国研究者报以怀疑的态度。为什么呢?原因之一是所使用数据库的信息不准确!

下面我们介绍一下Seek & Blastn这个新工具,以及它是如何检测出错误的核苷酸序列的。

Seek & Blastn 由 Jennifer Byrne 和 Cyril Labbé共同研发。Byrne 是澳大利亚悉尼Westmead儿童医院的癌症研究员,Labbé是法国格勒诺布尔阿尔卑斯大学(University of Grenoble Alpes)的计算机科学家。他们之前公布了Seek & Blastn的早期版本,现在想要让其他研究者一起来帮忙测试并改进这个工具。他们计划把这个工具提供给期刊编辑们,帮助他们检测研究文章中基因序列中的错误,就像检测抄袭一样。

在2016年的Scientometrics研究报告中,Byrne 和 Labbé声称有48篇有问题的论文,其中有30篇错误地使用了核苷酸片段,这些都是中国作者写的!除了5篇2015年发表的论文,他们没有公开指出其他有问题的论文,但私下联系了期刊的编辑,很多编辑也没有回应,但还是有3篇文章撤稿了。总共,他们用Seek&Blastn找出了90多篇存在基因序列错误的论文。

如何使用Seek & Blastn这个工具呢?Seek & Blastn这个软件从网站的文章中提取核苷酸序列,并将其与核苷酸的公共数据库(核苷酸基本局部比对搜索工具(Blastn))进行交叉核对。早在2015年,Byrne在5篇癌症研究的论文中发现,作者们使用了错误的核苷酸序列来进行他们的实验。之后,她又在另外25篇文章中发现类似的错误。因此,Byrne和 Labbé开发了Seek & Blastn来发现更多文章中的错误。

目前,Seek & Blastn正处于测试阶段,因此可能会产生假阳性和假阴性结果。利用这个网站http://scigendetection.imag.fr/TPD52/,Seek & Blastn可以在人类基因组和转录数据库中搜索查询核苷酸序列。论文作者和期刊编辑应该再采取进一步行动(如联系作者或期刊编辑)或使用PubPeer和社交媒体发表文章之前,在此搜索核对。据Byrne 和 Labbé报道,癌症研究期刊CorpusP 全部48份研究和CorpusU 的154份(73%)研究中的111份使用了在Seek & Blastn。Seek & Blastn的应用确定了CorpusP48个研究中的38个(79%),似乎错误地使用了核苷酸序列试剂。据分析预测,在154项CorpusU研究中可能有30项(19%)错误地使用了核苷酸序列试剂。更多关于Seek & Blastn的应用结果可以查看相关网站:http://peerreviewcongress.org/prc17-0177

最后,您认为还有什么科研问题是可以通过开发工具解决的呢?

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