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投稿期刊论文,怎么写细菌学名

在一篇学术文章中准确写出细菌学名对科学家来说是一个挑战,因为指导方针会随着新的发现而产生改变,,而且拉丁文名称也会让人困惑不已。本文将概述研究人员在使用细菌学名时遇到的最大问题,并提供一些提示帮助您掌握正确的命名方法。

细菌是如何命名的?

国际原核生物系统学委员会(ICSP)制定了指导方针来解释细菌的正确命名方法或命名系统,这个系统被称为细菌代码,每个细菌学名都有一个由两部分组成的二项式名称:属名(表示它属于哪个属)和种名。

在论文中提到细菌时,作者应在文本中使用下划线或斜体标出细菌学名。在首次提到微生物的完整名称后,可以将细菌学名的属名称缩写为大写字母,例如Moraxella bovis可以写成M.bovis。

小贴士:国际原核生物系统学委员会(ICSP)建议在出版物的摘要中再次拼写出所有细菌的全名。

在讨论未命名物种的细菌学名时,缩写“sp.”用于指单个未命名物种。而“spp.”写在一个细菌学名的属之后,指的是不止一个未命名的物种。例如,Moraxella sp.将用于讨论一个未命名的Moraxella物种。

小贴士:细菌通常被分为亚种,亚种由生物型、化学型、化学型、品种、形态型、病理型、血清型和状态等亚型来表示。

这些细分应该用纯文本写在附加斜体或下划线的细菌学名之前。例如,豆科根瘤菌的细菌学名“Rhizobium leguminosarum biovar viciae”应该正确地写为Rhizobium leguminosarum biovar viciae

微生物命名法使用中的常见问题

研究人员在使用细菌学名时会遇到一些共同的问题。首先是很容易想到的问题是不同类型的细菌学名在名称缩写时看起来是相同的。比如M. bovis可以表示Moraxella bovis, Mycoplasma bovis或者Mycobacterium bovis。在这种可能产生混淆的情况下,作者应该注意避免使用细菌学名的缩写,或者一定要清楚地说明正在讨论的是哪个细菌。

研究人员在微生物命名法方面遇到的其他问题则更为复杂。虽然细菌代码通常被解释为细菌学名的“官方”列表,但该代码仅提供了细菌学名的指导原则,这就会出现科学研究中的分歧、发现和进化。例如,一组研究人员可能会将一种细菌归为A属。同样,另一组研究人员可能在进行不同的研究时将该细菌归为B属。继续我们之前的bovis示例,一种细菌学名在一篇文章中可能被称为A bovis,而在另一篇文章中细菌学名可能被称为B bovis。

怎么知道使用的微生物命名法是否有效?

许多研究人员错误地认为,最新公布的细菌学名就是“正确”的。然而正如上述,事实并非如此。一个细菌可能以不同的细菌学名出现在不同的文献中,比如以一个细菌学名发表在《国际系统与进化微生物学杂志》上,以另外一个细菌学名在“验证列表”中声明。换句话说,细菌学名的命名是一个科学判断和共识的问题。例如,科学界很快接受了使用Helicobacter pylori替代Campylobacter pylori作为幽门螺杆菌的细菌学名,而Tatlockia micdadei却没有被普遍接受用来替代Legionella micdadei作为军团菌的细菌学名。

最后,ICSP没有给出如何在亚种之后指示分类群的细菌学名具体指南,例如菌株命名。菌株名称应遵循属和种,通常是数字和字母的组合。例如,幽门螺杆菌的细菌学名可以写成Helicobacter pylori K164:K7,其中K164:K7表示您工作中使用的特定菌株。

如果您对写作中正确使用的细菌学名有疑问,您的首要参考文献应该是《国际细菌命名法典》(1990年修订)。同时随时了解您所在领域的相关出版物,并注意有关细菌分类的所有分歧或新发现。最后请记住,细菌学名是一个基于科学判断和共识的问题。

本文首发于英论阁学术院。原文阅读 https://www.enago.com/academy/write-scientific-names-in-a-research-paper-bacteria/